2008 besetzte sie den Stuhl, den Horst Seehofer für den CSU-Vorsitz in Berlin leer hinterließ. Die CSU-Politikerin aus dem oberbayerischen Feldkirchen-Westerham verhinderte als Bundeslandwirtschaftsministerin die Einführung der Genmaissorte “Monsanto 810” in Deutschland. Sie setzt sich zudem in Brüssel und Berlin für die Belange der Milchbauern ein. Im Juli 2009 wurde Aigner dafür der Bayerische Verdienstorden verliehen. Im Oktober wurde sie als Ministerin für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz bestätigt. Im Zuge der Einführung von Google Streetview sprach sie sich unter anderem für eine Verlängerung der Einspruchsfrist aus, die der amerikanische Konzern schließlich zubilligte.