Im Gefangenenlager der Basis waren zeitweise knapp 800 Terrorverdächtige interniert, darunter mutmaßliche Drahtzieher der Anschläge und Führungskader von El Kaida. Durch die Festnahmen und Verhöre, so der Tenor der militärischen und politischen Führungsriege der USA, seien weitere Anschläge verhindert und die Sicherheit der Vereinigten Staaten verteidigt worden.

Doch für Schlagzeilen sorgte Guantanamo Bay vor allem im negativen Sinn: Häftlinge wurden von CIA-Agenten und Soldaten systematisch gefoltert, um an Informationen zu gelangen. Das Rote Kreuz kritisierte die Haftbedingungen als unzumutbar, Amnesty International kritisierte das Camp als einen Gulag unserer Zeit. Und obwohl die US-Regierung die Verwicklungen der Häftlinge in terroristische Aktivitäten betonte, kamen nur wenige der knapp 800 Fälle zur Anklage vor Militärgerichten.

Obama trat an, diese Missstände zu beseitigen und die moralische Autorität der USA in der internationalen Politik wieder herzustellen – gleich an seinem ersten Tag im Weißen Haus verfügte er durch einen präsidialen Erlass die Schließung des Gefangenenlagers. Doch auch ein Jahr nach seinem Wahlsieg bleiben weiterhin 223 Terrorverdächtige in Guantanamo Bay inhaftiert. Bei etwa 60 ist die Beweislage nach Ansicht der Militäranwälte ausreichend für baldige Verfahren, weitere 80 Häftlinge werden wohl aus Mangel an Beweisen freigelassen werden – nach teilweise acht Jahren Untersuchungshaft. Für den Rest gibt es momentan keine konkreten Pläne.

Zwar stärkte der Oberste Gerichtshof der USA im Juni 2008 die Rechte der Gefangenen, Gerichtsprozesse sollen vor US-Zivilgerichten nach dem Willen des Repräsentantenhauses jedoch nur nach ausgiebiger Prüfung der möglichen Gefahren zulässig sein. Die meisten Terrorverdächtigen haben auch nach Jahren der Haft keine Anklageschrift zu sehen bekommen und befinden sich als illegale feindliche Kämpfer im juristischen Schwebezustand.

Zudem ist die Frage der Unterbringung von Exhäftlingen weiterhin ungelöst: Zwar wurden mehrere uigurische Häftlinge aus Mangel an Beweisen (und auf Drängen von Menschenrechtsorganisationen) im Frühjahr 2009 aus der Haft entlassen und teilweise von Anrainerstaaten in der Karibik aufgenommen, eine Auslieferung der verbleibenden Gefangenen an Drittländer stellt jedoch vor allem eine politische Hürde da. Mitte Oktober schloss das US-Repräsentantenhaus eine Aufnahme von Ex-Terrorverdächtigen in den Vereinigten Staaten per Gesetz aus – und auch Deutschland hat sich bisher mit Angeboten an die US-Regierung vornehm zurückgehalten.